离婚协议遗失后，补办流程如下：
准备材料：
夫妻双方的身份证原件及复印件；
离婚证原件及复印件；
失效的离婚协议书（如有）；
其他相关证据材料。
提交申请：
将上述材料提交给当地的人民法院或者婚姻登记处。
法院立案：
如果是向法院提交，法院会对材料进行审核，如果符合立案条件，将予以立案。
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法院会根据立案材料进行审理，必要时可能会安排双方到庭进行陈述；
在审理过程中，如果一方提出异议，法院可能会要求双方重新签订离婚协议。
出具判决书：
法院审理结束后，如果双方没有异议，将出具一份具有法律效力的判决书，其中将包含原离婚协议的内容。
领取判决书：
一旦判决书生效，当事人可向法院领取判决书。
办理登记：
携带判决书和离婚证到婚姻登记处重新办理离婚登记手续。
需要注意的是，在补办离婚协议的过程中，可能会遇到一些特殊情况，比如一方不同意重新签订离婚协议或者原离婚协议中某些条款需要变更等。这些情况可能需要通过法律程序解决。
另外，由于各地区具体操作可能有所不同，建议在办理过程中咨询当地相关部门，获取最新的指导和建议。